Paljudes projektides on lisaks otsestele abikõlblikele kuludele lubatud ka kaudsed kulud ehk üldkulu. Projektides võib kaudse kulu ehk üldkulu komponent olla erinev:
- Arvestatud ainult otsestelt personalikuludelt
- Arvestatud kõigilt kuludelt, v.a. allhankekulud
- Lisandub kõigile kuludele.
Üldkulu lisandub ainult abikõlblikele kuludele ja arvestatakse automaatselt. Üldkulust tehtud kulusid rahastajale tõendama ei pea.
Vastavalt ülikooli finantseeskirjale eraldatakse osa kaudsetest kuludest üldkulu eraldisena ülikooli üldfondi. Üldkulu eraldis arvestatakse üldfondi ainult projekti toetuse osalt ja pärast toetuse laekumist. Projektide üldkulu eraldise arvestust teostab sihtfinantseerimise talitus.
Ülikoolis kehtivad üldkulu eraldise osas järgmised reeglid:
- lepingutelt ja sarnastelt kokkulepetelt on üldkulu eraldise määraks 15%.
- Üldkulu eraldis ETAg-i personaalsetelt uurimistoetustelt arvestatakse üldfondi vastavalt rahastaja kehtestatud üldkulu eraldise määrale.
- Projektitoetustelt, mille kohta on sõlmitud leping või tehtud haldusotsus mitte varem kui 01.11.2015, arvestatakse üldkulu eraldis üldfondi vastavalt rahastaja kehtestatud määrale, kuid mitte rohkem kui 15% otsestest kuludest.
Projektitoetusena käsitletakse muuhulgas valitsussektori sihtasutusega sõlmitud teenuslepingutest ja nende lepingute täitmiseks moodustatud konsortsiumite liikmetelt nimetatud lepingutega seonduvalt saadud rahalisi vahendeid, mille aluseks on perioodi 2014-2020 struktuuritoetuse seadus. Nimetatud lepingute täitmisel osaleb ülikool valitsusasutuse (rakendusasutus) õigusaktis sätestatu alusel ja teenusleping on vajalik avalikkusele ning ühiskonna arengule tervikuna suunatud projekti elluviimiseks. - Projektitoetustelt arvestatakse üldkulu eraldis rahastaja poolsel kulude kinnitamisel ja partneritele edasikantavatelt toetustelt üldkulu eraldist ei arvestata.
- Toetuslepingutele kohaldatakse projektitoetuste kohta sätestatut.
- Targa linna tippkeskuse lepingutelt ja kokkulepetelt on üldkulu eraldise määraks 1/3 üldfondi eraldise määrast (siseregulatsiooni allakirjutamise ajal 5%).